CONSISTORIO DE LA IEPC Está formado por el Pastor Titular, electo por tiempo indefinido;  y por 15 ancianos y ancianas gobernantes (presbíteros (as) gobernantes) electos por la congregación y quienes sirven por un términos de 3 años, debiendo descansar un año después de servir dos períodos consecutivos; además participa en las sesiones el Pastor Asociado. El Consistorio es el responsable de la misión y gobierno de la Iglesia por lo tanto tiene responsabilidades y poder de recibir miembros, dirigir a la congregación en la participación de la misión total de la Iglesia, proveer para el culto, velar por el crecimiento espiritual de los miembros, equipar al pueblo para su ministerio, desarrollar y/o supervisar las actividades administrativas, de educación cristiana, evangelización y misiones, y servicio cristiano. 

Los 15 ancianos y ancianas gobernantes, se dividen en tres comisiones de 5 miembros c/u; organizadas al principio de cada año calendario; y, son: 1. Administración; que atiende los asuntos de mayordomía, presupuesto, recursos humanos, construcciones, mantenimiento y apoyo al servicio cristiano que está a cargo del Cuerpo de Diáconos;  2.  Evangelización y Misiones; que atiende los asuntos relacionados con actividades evangelísticas,  misioneras y de control de membresía. Están bajo su jurisdicción los Comités de Evangelización; Misiones; Campo de Antigua Guatemala; Congregación de Chajul, Quiché; Compañerismo Internacional; y, Oración; así como los programas de evangelismo explosivo y grupos de vida (en hogares) que coordina el obrero José León Lemus Valdez; 3. Educación Cristiana; que atiende los asuntos de Escuela Dominical, liturgia, educación teológica; candidatos (as) al Ministerio; nominación de oficiales; uso del templo, sociedades, vida espiritual y grupos musicales.